بر طبق این نظریه که به "نظریه ولایت استقلال فقیه" نیز معروف می‏باشد، منبع مشروعیت ولایت فقیه، خداوند است و هیچ کس بدون او حق ولایت ندارد. در این چارچوب، فقیه عادل و واجد شرایط از سوی ائمه معصومین(ع) به شکل عام منصوب می‏شود و نقش مردم همانند نقشی است که در زمینه ولایت امامان معصوم(ع) مطرح است یعنی پذیرش مردم و اظهار اطاعت از فقیهی که نبض امر را به دست گرفته است. بنابراین بر طبق این نظریه فقیه عادل از جانب شارع مقدس منصوب شده و مشروعیت خود را از آن ناحیه کسب می‏کند و حکم وی بر جمعیت احکام اول و ثانوی مقدم است. چنین فقیهی چون نایب امام زمان(عج) است، همه اختیارات پیامبر(ص) و ائمه اطهار(ع) را در امر حکومت داراست و اینگونه نیست که اختیارات فقیه در دایره محدودی باشد بلکه او صاحب ولایت مطلقه است.

براساس این نظریه، نظریه"چون ولایت فقیه امانتی است الهی، رای و انتخاب مردم در ثبوت آن نقشی ندارد و چنان نیست که اگر مردمی رای ندادند، او امام و ولی امر نباشد و دخالتش در امور غاصبانه باشد."همچنین این نظریه بر این اعتقاد است که "تاثیر حضور مردم در صحنه عمل و اظهار رای آنان در قلمرو فکر نه تنها ضامن اجرای ولایت فقیه است بلکه مایه موفقیت اصل دین و حاکمیت قرآن و زمامداری پیامبر اکرم(ص) و رهبری امامان معصوم(علیهم السلام) می‏باشد و هرگز نباید بین تاثیر خارجی حضور مردم و بین تاثیر آن د رایجاد حق حاکمیت و علیت نسبت به اصل ولایت فقیه خلط نمو دو به بهانه تکریم آرای عمومی، حق حاکمیت را مجعول خلق دانست و جنبه ربوبی او را رها کرد."

حضرت امام خمینی نیز قائل به این نظریه بود. بطوریکه در کتاب کشف الاسرار که در سال 1322 شمسی تالیف شده چنین می‏نویسد:

"کسی جز خدا حق حکومت برکسی را ندارد، حق قانونگذاری ندارد. به حکم عقل، خدا باید برای مردم حکومت تشکیل دهد و قانون وضع کند. اما قانون همان قوانین اسلام است که وضع کرده و پس از این اثبات می‏کنیم که این قانون برای همه و همیشه است."مباحث استدلال ولایت فقیه ایشان که در سال 1347 نیز نگاشته شد به منشا الهی بودن حاکمیت تصریح دارد:

"تبیعت از رسول اکرم به حکم خداست... پیروی از متصدیان حکومت یا ولی الامر نیز به حکم الهی است، آنجا که می‏فرماید: "اطیعوا اللّه و اطیعوا الرسول و اولی الامر منکم."حاکمیت اسلامی حکومت قانون است. حاکمیت منحصر به خداست و قانون، فرمان و حکم خداست. قانون اسلام یا فرمان خدا و بر همه افراد و بر دولت اسلامی حکومت تام دارد. همه افراد از رسول اکرم گرفته تا خلفای آن حضرت و همه افراد تا ابد، باد تابع قانون باشند. اگر رسول اکرم خلافت را عهده‏دار شد به امر خدا بود، خدای تبارک و تعالی آن حضرت را خلیفه قرار داده است. بعد از آن هم خدای متعال از راه وحی رسول اکرم صلی اللّه علیه و آله را الزام کرد که فوراً وسط بیابان امر خلافت را ابلاغ کند."البته حضرت امام در طول سالهای پس از پیروزی انقلاب علیرغم احترام فراوان به رای و نظر مردم، بر مشروعیت الهی حکومت تاکید دارند:

"ولایت فقیه در کار نباشد طاغوت است. اگر به امر خدا نباشد، رئیس جمهور با نصب فقیه نباشد غیر مشروع است! وقتی غیر مشروع شد طاغوت است... طاغوت وقتی از بین می‏رود که به امر خدای تبارک و تعالی کسی نصب شود."