اکنون عموما پذیرفته‌اند که کیمیاگری چین بر کیمیاگری عربی تاثیر چشمگیری بر جای گذاشته است::,، گرچه در مورد میزان این تاثیر هنوز بحث‌های بسیاری در جریان است.به همین ترتیب، آموخته‌های هندو نیز در کیمیاگری اسلامی مورد استفاده قرار گرفت، اما باز هم میزان و تاثیر این امر به درستی مشخص نیست.
 کیمیاگری در اروپای قرون وسطی

کیمیاگری به دلیل ارتباطات قوی خود با فرهنگ‌های یونانی و رومی، به راحتی در فلسفه مسیحیت پذیرفته شد، و کیمیاگران قرون وسطی در اروپا به نحو چشمگیری دانش کیمیاگری اسلامی را به کار گرفتند. جربرت از اوریلاک، که بعدها پاپ سیلوستر دوم نام گرفت، (متوفی به سال ۱۰۰۳) از نخستین کسانی بود که از طریق اسپانیا علوم اسلامی را به اروپا وارد کرد. پس از وی مردانی همچون آدلارد از بث، که در قرن دوازدهم می‌زیست، دانش بیشتری را به اروپا منتقل کرد. اما این روند تا قرن سیزدهم عموما به ادغام علوم اسلامی در کیمیاگری اروپا محدود می‌شد.

در این دوره در عقاید آگوستین که از جمله نخستین متفکران مسیحی بود، انحرافاتی ایجاد شد. سر آنسلم (۱۱۰۹-۱۰۳۳) یکی از بندیکتی‌هایی بود که معتقد بود ایمان باید بر خردگرایی پیشی بجوید، آگوستین و بیشتر خداشناسان پیش از آنسلم نیز دارای چنین عقیده‌ای بودند، اما آنسلم این عقیده را مطرح کرد که ایمان و خردگرایی سازگار هستند و به ترویج خردگرایی در بافتی مسیحی پرداخت. این عقیده وی زمینه را برای انفجار فلسفی فراهم کرد. پیتر آبلارد نظریه آنسلم را پیگیری کرده، و زمینه را برای پذیرش تفکر ارسطو پیش از ورود نخستین آثار ارسطو به جهان غرب فراهم کرد. مهمترین تاثیر وی بر کیمیاگری این عقیده وی بود که کلیات افلاطون دارای هویتی مجزا خارج از آگاهی انسان نیست. آبلارد همچنین بررسی تعارضات فلسفی را نظام‌مند کرد.

رابرت گروستست (۱۲۵۳-۱۱۷۰) یکی از پیشگامان نظریه علمی بود که بعدها کیمیاگران آن را تغییر داده و مورد استفاده قرار دادند. او روش‌های تحلیلی آبلارد را اتخاذ کرده و استفاده از مشاهدات، تجربیات، و نتیجه‌گیری‌ها را در ارزیابی‌های علمی به آن افزود. گروستست همچنین تلاش بسیاری کرد تا فاصله بین تفکر ارسطو و افلاطون را از بین ببرد.

آلبرتوس مگنوس (۱۲۸۰-۱۱۹۳) و توماس آکویناس (۱۲۷۴-۱۲۲۵) هر دو دومینیک بودند که به مطالعه ارسطو پرداخته و تلاش می‌کردند تفاوت‌های بین فلسفه و مسیحیت را از بین ببرند. آکویناس همچنین اقدامات بسیاری در حوزه توسعه روش‌های علمی انجام داد. او همچنین تا حدی پیش رفت که مدعی شد امور جهانی را تنها می‌توان از طریق استنتاج منطقی کشف کرد، و از آنجایی که منطق نمی‌تواند برخلاف خدا حرکت کند، منطق باید با الهیات سازگار باشد. :. این تصور برخلاف عقیده افلاطونی بود که همگان بدان اعتقاد داشته و بر اساس آن امور جهانی صرفا در اشراق الهی یافت می‌شد. مگنوس و آکویناس از نخستین کسانی بودند که به آزمایش نظریه کیمیاگری پرداخته، و توانستند خود نیز در زمره کیمیاگران قرار بگیرند، با این استثناء که این دو کار اندکی در حوزه آزمایش انجام دادند.

نخستین کیمیاگر واقعی در اروپای قرون وسطی راجر بیکن بود. کاری که او برای علم کیمیا انجام داد همچون کاررابرت بولی بود برای علمشیمی و گالیله برای نجوم و فیزیک. بیکن (۱۲۱۴-۱۲۹۴) وابسته به دسته راهبان فرقه فرانسیس مقدس در آکسفورد بود که علاوه بر علم کیمیا به کنکاش در فیزیک نور و زبان میپرداخت. آرمانهای فرانسیسی مبنی بر پذیرش جهان به جای پس زدن آن منجر به پیدایش اعتقادی در او شد که تجربه را بر استدلال ارجحیت می داد: “از سه چیزی که آدمی گمان می کند می تواند از اشیا دانش کسب کند یعنی اختیار، استدلال، و تجربه، تنها آخرین آنها موثر بوده قادر به ایجاد آرامش روان است.” (Bacon p. ۳۶۷) “علوم تجربی نتایج سایر علوم را کنترل میکند وحقایقی را برملا می کند که استدلال در اصول کلی هرگز قادر به کشف آنها نخواهند بود.” :. به راجر بیکن آغاز جستجو در پی کیمیا و اکسیر زندگی نیز نسبت داده شده است: “در نظر خردمندان، آن دارویی که بتواند تمام ناخالصی ها و فسادپذیری ها را از فلزات پست تر بزداید، به اندازه ای می تواند فساد پذیری را از تن انسان به درآورد که زندگی اش برای قرنها به طول انجامد.” نظریه ی جاودانگی جای خود را به اندیشه ی عمر طولانی داد؛ به هر حال تصور این بود که عمر آدمی در این کره ی خاکی فقط برای این است که صبر کند و خود را برای جاودانگی اخروی در محضر خداوند آماده سازد. جاودانگی در این دنیا با اصول الهیات مسیحیت همخوانی نداشت. : بیکن تنها کیمیاگر سالهای اصلی قرون وسطی نبود اما مهمترین آنها به شمار می رفت. ازنتایج کارهای او کیمیاگران بیشماری طی قرون پانزده تا نوزده استفاده می کردند. سایر کیمیاگران در دوران او ویژگی های مشترکی داشتند. اولین و مشخص ترین این ویژگی ها این بود که تقریبا تمامی این افراد اعضای روحانیت بودند. و این امرصرفا بدان جهت بود که افراد معدودی خارج از مکتب (مدارس محلی) سواد بررسی کارهای برگرفته از زبان عربی را داشتند. و نیز در آن زمان فتوای کلیسا درباره ی کیمیاگری، استفاده از آن به عنوان روش مناسبی برای کنکاش در خداشناسی و گسترش آن بود. کیمیاگری مورد علاقه ی اقشار کثیری از روحانیت مسیحی بود چرا که در آن زمان که مردم تازه داشتند درباره ی عقل گرایی چیزهایی می فهمیدند، علم کیمیا دیدگاهی عقلانی از جهان را ارائه میداد.

از این رو تا پایان قرن سیزدهم علم کیمیا به اسلوب فکری نسبتا ساختار یافته ای تبدیل شده بود. اساتید به تئوریهای عالم کبیر-عالم صغیر هرمس اعتقاد داشتند، بدین معنی که معتقد بودند فرایندهایی که بر روی کانیها و سایر مواد اثر گذارند می توانند بر بدن انسان نیز اثر کنند (مثلا، اگر انسان بتواند راز خالص کردن طلا را بیابد، پس می تواند راهی برای پالودن روح انسان نیز به کاربندد. آنها به چهار عنصر و چهار ویژگی آن گونه که در بالا ذکر شد معتقد بودند، و نیز عادت داشتند که افکار خود را با نوشتاری پوشیده در مجموعه ی پیچیده ای از زبان حرفه ای در میان دامهایی برای گمراه کردن افراد غیر متخصص پنهان کنند. سرانجام، کیمیاگران هنر خود را به کار بستند یعنی عملا مواد را آزمایش کردند و مشاهده ها و تئوریهایی در باره ی چگونگی عملکرد جهان ارائه دادند. کل فلسفه ی آنها بر این اساس بود که معتقد بودند روح آدمی پس از هبوط آدم درونش قسمت شده است. با خالص کردن دو بخش از روح خود، آدمی می تواند به خدا بپیوندد.

این دیدگاه ها در قرن چهارده به شدت تغییر کردند. ویلیام اوکامی، راهب فرانسیسی از آکسفورد متوفی در سال ۱۳۴۹ میلادی، دیدگاه Thomist تطابق میان ایمان و استدلال را به شدت مورد نکوهش قرارداد. دیدگاه او که امروزه در بسیاری از موارد مورد قبول واقع شده است، این بود که خداوند را می بایست تنها با ایمان قبول داشت؛ خداوند را نمی توان به استدلال انسان محدود کرد. البته این دیدگاه اشتباه نبود مشروط بر اینکه انسان برهان خداوند نامحدود در برابر توانایی محدود استدلال انسان را پذیرفته باشد، اما عملا این امر کاربرد علم کیمیا را در قرون چهارده و پانزده از بین برد. :. پاپ جان ۲۲ در اوایل قرن ۱۳ حکمی علیه کیمیاگری صادر کرد که عملا مانع از کار در حوزه ی کیمیا برای کارکنان کلیسا شد. تغییرات آب و هوایی، وبا، و افزایش جنگ و خشکسالی که از مشخصه های این قرن بودند نیز بدون شک به طور کلی مانع پیگیری فلسفی موضوع می شدند.